Molécules en 3D sur Internet

Visualisation des molécules : le plugin CHIME

Pour visualiser les molécules présentées il faut utiliser le "plugin" MDL Chime distribué gratuitement.
On peut télécharger ce plugin sur le site Symyx (anciennement MDL) mais il faut s'inscrire au préalable...
Des infos supplémentaires sur wikipedia : http://en.wikipedia.org/wiki/MDL_Chime

1- Téléchargement

Plusieurs version du plugin sont disponibles sans inscription sur le site de l'INRP (institut National de Recherche Pédagogique)

version la plus récente :   version2.6SP7 (nov 2007)
d'autres versions plus anciennes sont disponibles (pour navigateur Internet anciens) : version2.6SP4 (oct 2002)      version2.6SP5 (dec 2003)      version2.6SP6 (mars 2004)

2- Installation

Installation pour Internet Explorer : Aprés téléchargement il faut installer le "plugin" en lancant le fichier téléchargé. Cela installe le plugin pour Internet Explorer

Pour utilisation avec Firefox il faut :
- Installer normalement le pluging pour Internet Explorer ;
- Copier les fichiers "chime" du dossier "plugins" de IE (Program files/Internet Explorer/Plugins) dans le dossier "plugins" de Firefox (Program files/Mozilla Firefox/Plugins)

Problèmes connus sous IE5 :
Si une molécule n'apparaît pas dans les fichier html: il suffit la plupart du temps de cliquer dans son
emplacement sur fond noir et elle devient visible.

Problèmes connus sous IE7 :
Autoriser le contenu bloqué (bandeau jaune en haut de l'écran) .

 

Utilisation du plugin Chime

Si les molécules ne s'affichent pas après redémarrage du système il faut essayer de diminuer le niveau de sécurité pour autoriser l'exécution des scripts permettant l'affichage et la manipulation des molécules.

- Le cliquer-glisser permet de faire tourner la molécule ;
- Les touches Maj + souris permettent un Zoom ;
- Les touches Ctrl + bouton droit permettent de déplacer la sélection ;
- Un clic du bouton droit sur la molécule ouvre un menu contextuel qui permet de faire tourner la molécule, de choisir la représentation (modèle compact, éclaté, fil de fer...).

 

Construction de molécules

Pour construire des molécules qui peuvent ensuite être visualisées avec le plugin dans un navigateur Internet, on peut, par exemple utiliser Chemstekch que l'on peut télécharger sur le site de acdlabs. Il faut ensuite exporter ces molécules dans un format convenable : ".mol".
On peut ensuite utiliser "Molda" pour les convertir en ".pdb" (seul format accepté par certains navigateurs).